Materials studio如何在 CASTEP 计算中限制某个原子的移动方向?
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CASTEP 计算中只支持 Fraction 坐标,不支持 Coordinate 坐标。采用常规方式无法限制原
子的移动方向,需要手动修改 CASTEP 的 Cell 文件,具体方式如下,在
%BLOCK POSITIONS_FRAC
Al 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000
Al 0.2270171283 0.2094837802 0.5009850469
Al 0.5000000000 0.0000000000 0.5000000000
Al 0.5000000000 0.5000000000 0.0000000000
%ENDBLOCK POSITIONS_FRAC
中包括每个原子的分数坐标,请留意每个原子的编号,在下面的计算中会有所帮助。
在 Cell 文件中,关于原子坐标限制的部分如下:
FIX_COM : false
%BLOCK IONIC_CONSTRAINTS
1 Al 1 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000
2 Al 1 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
3 Al 1 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000
4 Al 3 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000
5 Al 3 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
6 Al 3 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000
7 Al 4 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000
8 Al 4 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
9 Al 4 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000
%ENDBLOCK IONIC_CONSTRAINTS
其中包括每行编号(紫色),原子类型(红色),原子编号(绿色)和需要限制的分数坐标(黑色)。如果要限制第二个 Al 原子不能沿着 X 方向移动,那么在该部分的设置如下:
1 Al 1 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000
2 Al 1 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
3 Al 1 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000
4 Al 2 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000
5 Al 2 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000
6 Al 3 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000
7 Al 3 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
8 Al 3 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000
9 Al 4 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000
10 Al 4 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
11 Al 4 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000
注意,编号要顺次后移,否则会出错,黑色部分分别对应于 x、y、z 三个方向,完成后,
使用 Run Files 方式即可进行计算。
此外,在
%BLOCK CELL_CONSTRAINTS
1 2 3
4 5 6
%ENDBLOCK CELL_CONSTRAINTS
中可以限制晶胞向量的变化,第一行分别表示三个晶胞参数 a、b、c,
第二行表示晶胞角度 α、
β、γ。上述结构表明参数可以被优化,如果需要加以限制,则需要改为 0。
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