Materials Studio官方教程（Help-Tutorials）- 叠加和排列分子

好酷屋教程网小编为您收集和整理了Materials Studio官方教程（Help-Tutorials）- 叠加和排列分子的相关教程：简介：无论您是比较多晶型预测中的两个晶体结构还是比较优化的分子构象，叠加分子或晶体组以进行可视化都是分子建模的重要组成部分。MaterialsVisualizer中的3DAtomistic

简介：无论您是比较多晶型预测中的两个晶体结构还是比较优化的分子构象，叠加分子或晶体组以进行可视化都是分子建模的重要组成部分。 Materials Visualizer 中的 3D Atomistic Collection 文档允许您在相同的 3D 笛卡尔空间中叠加分子、平板和晶体，而体系之间没有任何物理交互。

本教程说明了如何使用集合文档覆盖分子，并演示如何对齐多个结构。

目的：介绍集合文档并演示如何使用它来覆盖和对齐分子。

本教程重要节点：

在集合文档中插入和选择结构-按主要时刻对齐结构

1.在集合文档中插入和选择结构

第一步是加载一系列结构。您将使用 QSAR 教程中的缓蚀剂并将它们导入研究表。

单击标准工具栏上的新建箭头，然后从下拉列表中选择Study Table Document以创建新的学习表文档。单击工具栏上的Insert From File按钮
以显示“插入到活动文档”对话框。导航到 Examples\QSAR\Structures 文件夹并双击 Corrosion.sd 打开文件。
腐蚀数据显示在研究表中。您可以将研究表中的结构提取到 3D Atomistic Collection 文档（.xod 文件）中。

选择研究表中 A 列第 1 到 7 行的结构集。右键单击任何选定的单元格，然后从快捷菜单中选择Insert From File。

选定的结构被提取到名为 Extracted From Study Table.xod 的集合文档中。

注意：您还可以将当前项目中一系列单独的 3D Atomistic 文档中的结构插入到集合文档中。为此，创建一个新的 3D Atomistic Collection 文档，选择您希望在 Project Explorer 中插入的文档，然后右键单击其中一个并从上下文菜单中选择 Insert Into。

如果您希望在集合文档中查看 3D Atomistic Trajectory 文档的内容，您必须首先将帧插入到学习表中，然后如上所述提取结构。

集合文档支持 3D Atomistic 文档中可用的许多功能；例如，结构查看和操作工具。此外，导入到集合文档中的分子会保留某些类型的数据，这些数据可能已针对该结构进行了计算，例如场、表面。 .xsd 和 .xod 文件之间最重要的区别在于，在后者中，分子是化学孤立的，允许它们非常接近（例如为了对齐）而不会相互影响。相反，3D Atomistic 文档中的分子会受到其环境的影响。

您可以使用Physical Systems对话框控制集合文档中分子的选择。

右键单击集合文档并从快捷菜单中选择Physical Systems。

这将打开“物理系统”对话框，可用于选择和更改集合文档中结构的可见性。

在物理系统对话框中单击Corrosion – 1，然后Corrosion – 7。

当您在“物理系统”对话框中单击结构名称时，将在集合文档中选择这些结构。

提示：您可以通过使用 SHIFT 和 CTRL 键以通常的方式修改选择来选择多个结构。

无论分子是否在“物理系统”对话框中被选中，您都可以更改分子的可见性。

选择Corrosion – 7 后，单击物理系统对话框中Corrosion – 3的复选框。

Corrosion – 3 结构已从视图中移除，尽管它仍存在于集合文档中。

您还可以从集合文档中删除分子。

在 Physical Systems 对话框中，选中 Corrosion – 3 复选框以重新打开其显示。

选择Corrosion – 1并按 DELETE 键。

该分子将从集合文档中删除，并且不再显示在“物理系统”对话框中。。

2.按主要时刻对齐结构

材料可视化器中有两种工具可用于对齐分子。一个工具允许您在特定方向上对齐一组分子，另一个工具是叠加结构，允许您将分子彼此对齐。在本教程中，您将按照特定方向排列分子。

在 Physical Systems 对话框中，选择 Corrosion – 2。单击 Create Centroid 箭头  并从下拉列表中选择 Principal Axes。

您可以使用任何可以使用创建质心工具计算的平均几何对象执行对齐。

对分子Corrosion – 3到Corrosion – 7重复上述步骤。

现在已经为集合文档中的每个分子计算并显示了主轴，您可以对齐分子。

在 Extracted From Study Table.xod 文档中单击以取消选择所有对象。按住 ALT 键并双击主轴对象之一。选择所有主轴对象。

要在 Materials Visualizer 中对齐分子，首先对齐视图，然后对齐分子以适合视图。在本教程中，您将主力矩与 x、y 和 z 轴对齐，因此您必须正确设置视图。

单击 3D Viewer Reset View按钮重置视图，然后单击3D Viewer Reset View按钮对齐到视图。

分子旋转并对齐，以便它们的主矩与 x、y 和 z 轴对齐。

如果您希望继续处理这些结构，可以将它们返回到学习表或将它们提取到单独的 3D Atomistic 文档中。

在 Extracted From Study Table.xod 中单击鼠标右键，然后从快捷菜单中选择 Return To Study Table。

分子返回到学习桌，覆盖原来的结构。您现在可以继续使用“模型”对话框优化这些结构或计算属性。

聚焦集合文档，单击它以取消选择主轴对象，然后右键单击并从上下文菜单中选择 Extract To Atomistic Documents。

集合文档中包含的结构被提取为单独的 3D Atomistic 文档，并放置在 Project Explorer 中当前选择的文件夹中。

当您从快捷菜单中选择提取到原子文档时，如果您在物理系统对话框中选择了特定分子，则只有选定的分子将被提取到 .xsd 文档中。

本入门教程到此结束。

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